ANTISHARK

Projet/Thèse Outils Innovants de détection précoce du virus de la Sharka pour la sauvegarde des vergers en Occitanie. (ANTISHARK)

Coordinateur : Dr. Cédric Bertrand

Période: 2020-2023 (3 ans)

Zone d’Étude: Occitanie (France)

Ce projet de thèse a eu lieu grâce à une collaboration entre l’Université de Perpignan Via Domitia et AkiNaO.

Résumé: La Sharka est une maladie virale des Prunus, causée par l’agent Plum pox virus (PPV). Elle s’est répandue dans presque tout le monde et provoque la déformation des fruits, jusqu’à les rendre impropres à la commercialisation et la consommation. La transmission se fait, au verger via des pucerons vecteurs, et par l’Homme, par le biais de plants ou greffons contaminés. C’est une problématique très importante au niveau régional, notamment dans les Pyrénées-Orientales. A l’heure actuelle, aucun moyen de lutte n’existe contre ce virus, seules des méthodes prophylactiques peuvent être employées, comme l’utilisation de plants sains, la surveillance au verger ou encore l’utilisation de variétés résistantes.

Deux méthodes officielles sont publiées par l’ANSES pour détecter le virus de la Sharka après prélèvement sur arbre suspecté de développer la maladie. Une technique ELISA (MOA021) en première intention, et en cas de doute ou de limite de détection trop faible, une méthode par amplification génétique (RT-PCR en temps réel, MA043). Ces méthodes utilisées permettent de valider la présence du virus dans des arbres ou des parties d’arbre présentant des signes visuels de la maladie. Cependant, ces méthodes ne permettent pas de discriminer des arbres asymptomatiques sains ou contaminés, et notamment nous ne pouvons pas systématiquement identifier la présence du virus dans des branches saines d’arbre contaminé.

Ce constat nous a poussé à travailler sur le développement d’une autre méthode de détection du virus. Il s’agit, non pas, de détecter le virus directement mais de mettre en évidence une réponse du végétal à la contamination virale par analyse métabolomique (spectrométrie de masse). Des résultats préliminaires obtenus tendent à montrer que des organes (feuilles) ne présentant pas d’expression visuelle de la maladie chez des végétaux contaminés, présentent un métabolome différent des arbres sains. Ces premiers résultats nous encouragent donc à développer une nouvelle approche de détection du virus de la Sharka dans des végétaux par une approche métabolomique.

La validation de la méthode de détection du PPV par voie métabolomique se fera en plusieurs étapes par comparaison avec les résultats obtenus par la méthode officielle (RT-PCR en temps réel, MA043). Nous tiendrons en compte différents paramètres tels que le type d’extraction, l’utilisation des différentes espèces (pêches, nectarines et abricots), de porte-greffe, conditions de prélèvements et zones géographiques. L’enjeu de ce projet est à terme de proposer une méthode de détection innovante du virus de la Sharka : i) applicable à un stade très précoce de la maladie, ii) qui permette d’utiliser les différentes parties du végétal (feuilles, branches, racines...) pour rendre un diagnostic.

L’identification de marqueurs moléculaires spécifiques de cette maladie est essentielle pour le développement et la validation de la méthode. A ce jour, aucune étude scientifique de ce genre n’a encore été menée sur la problématique de la Sharka.

Collaborateurs:
Collaborateur AkiNaO: Annabel Levert
Collaboratuer UPVD : Christophe Calvayrac

Source de Financement:

ANRT/CIFRE + PILE Région Occitanie