TRICNIDA

Projet: Tri cellulaire des microbiotes de cnidaires (TRICNIDA)

Coordinateur:
Camille Clerissi

Période: 2019

Résume
Les récifs coralliens sont particulièrement menacés par les changements globaux, alors qu’ils abritent une importante biodiversité et apportent de nombreux services écosystémiques aux populations humaines. Les coraux scléractiniaires sont associés à une grande diversité de micro-organismes (regroupés sous le terme de microbiote), et il est fortement suspecté que ces derniers pourraient être impliqués dans la santé de leurs hôtes et la résilience des récifs coralliens.

Cependant, à l’exception des algues endosymbiotiques du genre Symbiodinium qui fournissent une source de carbone aux coraux, les fonctions des autres membres du microbiote restent peu explorées. Ce manque de connaissances s’explique principalement par des problèmes techniques. En effet, la majorité des micro-organismes ne sont pas cultivables, et l’utilisation des approches récentes de métagénomique est rendue particulièrement complexe par la forte dilution des ADN microbiens au sein de l’ADN total extrait, dominé par l’ADN des cellules de corail.

L’objectif de ce projet est de développer une méthode qui combine le tri cellulaire par cytométrie en flux et le séquençage à haut-débit pour inférer les fonctions apportées par le microbiote aux coraux scléractiniaires.

Le programme de travail consistera à mettre au point (i) une méthode innovante de désagrégation des tissus de l’hôte, (ii) une méthode de tri des populations du microbiote par cytométrie en flux et d’extraction de leur ADN, avant (iii) analyse de l’ADN extrait par des approches de génomique et métagénomique.

Collaborateurs:
- National : Raphaël Lami (Maître de Conférences, Sorbonne Université, Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-Mer)

Source de Financement: EMBRC-France Découverte