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Stage M2 : Caractérisation biochimique de composés antimicrobiens produits par des bactéries associées à l’huître creuse Crassostrea gigas

  • Post category:Emploi
  • Temps de lecture :5 min de lecture

Encadrant : Isabelle Bonnard (CRIOBE-UPVD)

Co-Encadrant : Céline Cosseau (IHPE), Ève Toulza (IHPE) et Luc Dantan (IHPE)

Période : janvier/février – juin/juillet 2022

Laboratoire d’accueil : Laboratoire Interactions Hôtes-Pathogènes-Environnements (IHPE), UMR5244 Université de Perpignan Via Domitia (http://ihpe.univ-perp.fr/) et le CRIOBE UAR3278, Université de Perpignan Via Domitia

Les probiotiques, selon la définition de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS),sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés dans des proportions adéquates, confèrent un effet bénéfique à leur hôte. Les probiotiques sont utilisés à ce jour en prophylaxie dans le domaine de la santé humaine et en élevage animal. Tout récemment, il a été proposé d’étendre l’utilisation des probiotiques aux pratiques d’élevage aquacole, y compris la conchyliculture. L’aquaculture est une activité en pleine expansion et son intensification a entraîné l’apparition de crises sanitaires dans les exploitations. Par ailleurs, la France est le premier producteur européen d’huîtres mais voit sa production fortement impactée par différents agents pathogènes. Dans ce contexte, nous souhaitons proposer des solutions éco-responsables pour l’élevage des huîtres en proposant d’intégrer l’utilisation des probiotiques aux propriétés bénéfiques comme alternative à l’utilisation d’antibiotiques pour lutter contre les crises sanitaires. Nous nous intéressons ainsi aux bactéries appartenant au microbiote naturel de l’huitre et à leurs propriétés bénéfiques. Au cours des dernières décennies, les bactéries marines ont attiré l’attention pour leur capacité à synthétiser des métabolites bioactifs aux structures originales et au potentiel biotechnologique élevé. Différentes classes de molécules, notamment les peptides non ribosomaux, ont montré des activités antimicrobiennes très prometteuses.

Nous avons isolé 328 bactéries du microbiote naturel de Crassostrea gigas, qui est la principale huître élevée en France. Parmi ces bactéries, 78 présentent des propriétés antimicrobiennes envers les pathogènes connus des huîtres. L’objectif du stage est de caractériser ces composés actifs. Pour ce faire, nous proposons un projet à l’interface microbiologie – biochimie encadré par 2 équipes de l’université de Perpignan respectivement spécialistes du microbiote de l’huitre (Laboratoire IHPE) et de l’identification de composés marins bioactifs d’intérêt pour le secteur de l’agrochimie (Laboratoire CRIOBE).

Description des tâches :

L’étudiant de master 2 devra (1) isoler le composé antimicrobien à partir de milieux de culture bactérienne et (2) caractériser sa nature biochimique. Parmi les 78 souches bactériennes de notre collection qui présentent des propriétés antimicrobiennes, nous avons identifié 8 candidates dont l’activité persiste dans le surnageant et qui sécrètent donc le composé antimicrobien actif dans le milieu de culture. L’objet du stage est de mener la caractérisation biochimique de ces molécules antimicrobiennes. Les tests d’activités antimicrobiennes se feront par la méthode de diffusion en milieu de culture. La séparation et la purification des composés actifs se fera par Chromatographie Liquide Haute Performance (HPLC) couplée à la spectrométrie de masse pour permettre l’identification moléculaire.

Compétences souhaitées :

Des compétences sont souhaitées en microbiologie (culture bactérienne, test d’activités antimicrobiennes) et/ou en biochimie structurale (séparation et identification de biomolécules). Un intérêt pour la valorisation de composés naturels bioactifs sera un atout pour permettre l’intégration dans ce projet pluridisciplinaire.Ce projet s’adresse à un(e) étudiant(e) ayant obtenu un diplôme de master en chimie analytique ou à l’interface chimie/biologie. Il (elle) devra être capable de travailler en laboratoire d’analyse chimique.

Pour postuler :

CV et lettre de motivation à :